Фамилия Атко — редкий пример, где окончание -о не суффикс, а часть основы. В русских фамилиях такое встречается нечасто: обычно -о бывает либо окончанием фамилий украинского происхождения (Шевченко, Коваленко), либо суффиксом фамилий на -ко, которые образованы от уменьшительных форм имён (Иванко, Петько). Атко же стоит особняком.

Самая вероятная версия — фамилия происходит от прозвища Атко, которое, в свою очередь, восходит к глаголу «атькать» или междометию «ать». В русских говорах «ать» — это окрик на лошадь, команда «но!» или, наоборот, «стой». Соответственно, Атко — человек, который так покрикивал на лошадей: конюх, ямщик, извозчик. Такие прозвища по характерному возгласу — не редкость в ономастике (сравните с фамилией Носков от «но-о»). Вариант с командами животным — один из самых древних пластов русских прозвищ.

Менее убедительная, но возможная версия — связь с личным именем Адольф или Адам через усечение и добавление суффикса -к(о). Однако в русской народной среде такие имена не были распространены, и эта гипотеза выглядит натянутой. Скорее всего, мы имеем дело именно с прозвищной моделью.

Географически фамилия встречается в основном на западе России и в Беларуси, что косвенно подтверждает её связь с местными говорами, где слово «ать» бытовало активно. В дореволюционных источниках носители фамилии Атко чаще всего числились крестьянами или мещанами — людьми, чья жизнь была тесно связана с лошадьми и гужевым транспортом.

Таким образом, предок современного Атко, скорее всего, был возницей или конюхом, чья привычка покрикивать на лошадей закрепилась за ним в качестве уличного прозвища. Фамилия сохранила эту звуковую особенность почти без изменений.