Фамилия Аткочюс — редкий пример литовского по происхождению прозвища, которое перешло в наследственное имя. В её основе лежит литовский глагол atkeisti (форма atkeičia) — «менять, выменивать обратно, возвращать себе выменянное». Словообразовательная модель типична для литовских фамилий: основа глагола + суффикс -юс (в литовском он указывает на деятеля, ср. skaitytojas — «читатель», но в фамилиях часто закрепляется в усечённой форме). Так что Аткочюс буквально означает «тот, кто занимается обратным обменом» или «меняла».

Скорее всего, прозвище получил человек, чьё ремесло или постоянное занятие было связано с обменом — не просто торговлей, а именно с возвратом, заменой, выкупом ранее отданного. В условиях традиционного хозяйства это мог быть посредник при обмене скота, зерна или ремесленных изделий, либо человек, выкупавший заложенное имущество. В отличие от фамилий на -ов/-ев, Аткочюс не привязан к отчеству: это прямое прозвище по роду деятельности, что указывает на его более позднее закрепление в письменных источниках (XVII–XIX века, когда на территории Литвы и бывшего Великого княжества Литовского фиксировали фамилии по местной, а не московской модели).

Географически фамилия тяготеет к северо-западным регионам — современной Литве и приграничным районам Беларуси (особенно бывшей Виленской и Ковенской губерниям). Встречается она редко, поэтому точных данных о сословной принадлежности первых носителей нет, но по косвенным признакам (отсутствие дворянской приставки, «ремесленная» семантика) можно предположить, что Аткочюсами были мещане или зажиточные крестьяне, занимавшиеся обменом на ярмарках. В русском контексте фамилия не склоняется по падежам, сохраняя литовское окончание -юс, что нередко вызывает путаницу при записи в документах — встречаются варианты Аткочус, Аткочюс-... (с двойной фамилией).