Фамилия Аткуянов — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркская основа сочетается с русским патронимическим суффиксом. Её ядро — личное имя Аткуя, которое, скорее всего, происходит от тюркского «ат» (конь, лошадь) и «куя» (защитник, оберегающий). В буквальном смысле имя могло означать «защитник коня» или «тот, кто оберегает коней». У башкир, татар и казахов лошадь была не просто скотом, а символом богатства, воинской доблести и кочевой свободы, поэтому имена с корнем «ат» встречались часто: Атназар, Атбай, Аткул. Аткуя — более редкая форма, но её значение прозрачно: конь как ценность, которую нужно беречь.

Суффикс -ов указывает на классическую русскую модель образования фамилий: Аткуянов буквально означает «сын Аткуи». Это типичный пример русификации тюркского имени в XVI–XIX веках, когда башкиры, татары и другие народы Урало-Поволжья принимали православие или просто попадали в русскую административную систему. Фамилия фиксирует момент перехода: имя отца (Аткуя) стало родовым прозвищем, а затем — официальной фамилией.

Географически Аткуяновы, вероятно, связаны с Башкортостаном, Татарстаном или Оренбургской областью. Именно там в метрических книгах и ревизских сказках XIX века чаще всего встречаются варианты Аткуянов, Аткуев, Аткужин. Интересно, что в некоторых говорах конечное -я в имени могло произноситься как -ай, поэтому не исключено, что в прошлом фамилия звучала как Аткуянов или Аткуев — а путаница возникла при записи со слуха писарями, не знавшими тюркского.

В отличие от многих фамилий на -ов, где основа — полное христианское имя, Аткуянов сохраняет дохристианское тюркское имя, что делает её ценной для историков: она указывает на языческий слой в антропонимии региона. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией нет — скорее всего, предки были крестьянами, казаками или мещанами, жившими в многонациональных сёлах Южного Урала. Сегодня фамилия встречается редко, в основном в Башкортостане и Татарстане, а также среди мигрантов в крупных городах.