Фамилия Атников начинается с корня, который не бросается в глаза. Отбросьте типичный фамильный суффикс -ов, и останется основа «Атник». Первая и самая вероятная версия ведёт к имени Афанасий. В народной речи его сокращали до Афоня, Атоня, а в некоторых говорах — до Атня. От «Атня» с помощью уменьшительного суффикса -ик образовалось прозвище Атник, то есть «маленький Атня» или «сын Атни». Такой путь типичен для русских фамилий: сначала прозвище по имени, потом фамилия по отцу.

Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: Атников буквально значит «сын Атника». Эта модель в XV–XVII веках была основной для образования фамилий у крестьян и посадских людей. В отличие от дворянских фамилий на -ский, Атников — фамилия «простая», без указания на владение землёй.

Есть и другая возможность, менее очевидная. В русских диалектах слово «атник» могло обозначать человека, который «атит» — то есть делает что-то резко, неожиданно, или любит перечить. В словаре Владимира Даля зафиксирован глагол «атить» в значении «кричать, шуметь, буянить». Тогда Атник — прозвище по поведению: крикливый, задиристый человек. Однако эта версия уступает первой по надёжности: фамилии от канонических имён встречаются в разы чаще, чем от редких диалектных глаголов, и для неё нет массовой поддержки в письменных источниках.

География фамилии узкая. По данным переписей и телефонных справочников, Атниковы встречаются в основном в Центральной России и Поволжье, особенно в Нижегородской и Владимирской областях. Это косвенно подтверждает «афонскую» версию: имя Афанасий было очень популярно в этих краях в XVI–XVII веках. Встречается также вариант написания Отников — с аканьем, когда безударное «о» переходит в «а», но в современных документах закрепилась форма через «а». Таким образом, скорее всего, предок носителя этой фамилии был сыном человека по имени Атник — народной формы от Афанасий.