Фамилия Атникеев — один из тех редких случаев, когда география бытования подсказывает этимологию вернее, чем прозрачный на первый взгляд корень. Основа фамилии — имя или прозвище Атникей, но что за ним скрывается, однозначного ответа нет. Самая убедительная версия: Атникей — это народная, диалектная форма крестильного имени Артемий (в обиходе — Артём). В говорах Русского Севера и Поволжья звук «р» часто выпадал, а «м» переходило в «н»: Артемий превращался в Атёмия, а затем в Атникея. Такая трансформация встречается и в других фамилиях — Атёмов, Атеников, Атюнин, все они восходят к тому же имени. Суффикс -ей здесь не уменьшительный, а простонародный вариант, который закрепился в документах XVII–XVIII веков.

Менее правдоподобна версия о тюркском происхождении — от корня «ат» (конь, имя) или «атны» (конный). Если бы фамилия была тюркской, она выглядела бы иначе: Атнакеев или Атнагулов, с типичными татарскими или башкирскими формантами. Атникеев же по суффиксу -ев и общей морфологии — русская фамилия, образованная от русского имени.

География фамилии узкая и показательная. Основные гнёзда Атникеевых — Нижегородская, Кировская области и Чувашия. Это те регионы, где имя Артемий в форме «Атникей» могло бытовать в XVI–XVII веках. В переписных книгах того времени фамилия не встречается, что указывает на её позднее оформление — скорее всего, в середине XVIII века, когда крестьяне массово получали фамилии по имени отца.

Таким образом, предок современных Атникеевых — человек по имени Атникей, то есть простонародный Артемий. Никакого особого сословного статуса или редкого ремесла за этой фамилией не стоит: это обычная русская патронимическая фамилия, каких тысячи.