Фамилия Атнишкина — редкий случай, когда географическая привязка оказывается едва ли не главнее этимологии. Если вы ищете корни этой фамилии, первое, на что стоит обратить внимание, — это регион. С высокой вероятностью она происходит из бывших псковских или новгородских земель, где встречается топоним Атнишки (деревня или урочище). В таком случае перед нами типичная «географическая» фамилия, образованная по модели «название места + суффикс -ин»: Атнишкин → Атнишкина. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын того, кто из Атнишек» или «родом из Атнишек».

Менее вероятна, но возможна версия от прозвища Атнишка. В основе может лежать диалектное слово, связанное с глаголом «тнискать» (в некоторых говорах — давить, жать, теснить). Приставка «ат-» (фонетический вариант «от-») могла означать отдаление или завершение действия: «оттнискать» — отжать, оттеснить. Тогда Атнишкой могли прозвать человека, который занимался отжимом чего-либо (например, льна или сена) или, в переносном смысле, настойчивого, «пробивного» человека.

С точки зрения словообразования фамилия проста: основа Атнишк- + патронимический суффикс -ин. Форма на -ина — это женский вариант, который в русской традиции закрепился за женщинами и детьми в официальных документах. Мужской вариант — Атнишкин.

О сословной принадлежности носителей фамилии сказать что-то определённое сложно. Если верна топонимическая версия, предки могли быть крестьянами или мещанами, приписанными к деревне Атнишки. Если же верно прозвищное происхождение — фамилия могла возникнуть в любой среде, где давали меткие бытовые прозвища.

В современных базах данных фамилия встречается крайне редко, что подтверждает её локальный характер. Для более точного поиска стоит проверить метрические книги Псковской и Новгородской губерний конца XIX — начала XX века.