Фамилия Атнишкина — тот редкий случай, когда географическая привязка оказывается едва ли не главнее этимологии. Если вы ищете её корни, первым делом стоит обратить внимание на регион. С высокой вероятностью фамилия происходит из бывших псковских или новгородских земель, где встречается топоним Атнишки (деревня или урочище). В таком случае перед нами типичная «географическая» фамилия, образованная по модели «название места + суффикс -ин»: Атнишкин → Атнишкина. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын того, кто из Атнишек» или «родом из Атнишек». Эта версия кажется основной, поскольку фамилия крайне редка и явно привязана к конкретной местности — такие «гнёздные» фамилии обычно не расходятся широко за пределы родного уезда.

Менее вероятна, но возможна версия от прозвища Атнишка. В основе может лежать диалектное слово, связанное с глаголом «тнискать» (в некоторых говорах — давить, жать, теснить). Приставка «ат-» (фонетический вариант «от-») могла означать отдаление или завершение действия: «оттнискать» — отжать, оттеснить. Тогда Атнишкой могли прозвать человека, который занимался отжимом чего-либо (например, льна или сена) или, в переносном смысле, настойчивого, «пробивного» человека. Однако эта версия слабее топонимической: слово «тнискать» крайне локально и редко фиксируется словарями, а приставка «ат-» вместо «от-» характерна для северо-западных говоров, что опять же возвращает нас к Псковщине и Новгородчине.

С точки зрения словообразования фамилия проста: основа Атнишк- + патронимический суффикс -ин. Форма на -ина — это женский вариант, который в русской традиции закрепился за женщинами и детьми в официальных документах. Мужской вариант — Атнишкин. Обратите внимание на суффикс -ишк-: в русских фамилиях он чаще встречается в прозвищных образованиях с оттенком уменьшительности или ироничности (сравните: Воробьишка, Головишка). В топонимической версии этот суффикс мог войти в фамилию уже из названия деревни (Атнишки — множественное число от Атнишко), а в прозвищной — указывать на то, что прозвище было дано с оттенком фамильярности.

О сословной принадлежности носителей фамилии сказать что-то определённое сложно. Если верна топонимическая версия, предки могли быть крестьянами или мещанами, приписанными к деревне Атнишки. Если же верно прозвищное происхождение — фамилия могла возникнуть в любой среде, где давали меткие бытовые прозвища. В современных базах данных фамилия встречается крайне редко, что подтверждает её локальный характер. Для более точного поиска стоит проверить метрические книги Псковской и Новгородской губерний конца XIX — начала XX века — скорее всего, именно там и скрываются первые известные носители этой фамилии.