Фамилия Атобоев — редкая, и её корень не лежит на поверхности. Чтобы добраться до сути, отбросьте типичное русское окончание -ев и всмотритесь в основу «Атобой». Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от тюркского мужского имени или прозвища.

Самая правдоподобная версия связывает её с тюркскими словами «ат» (лошадь, конь) и «бой» или «бай» (богатый, господин, хозяин). Имя Атобой (или Атбай) в таком случае означало «богатый конями» или «владелец табунов». Для кочевых народов лошадь была основой хозяйства, статуса и передвижения, поэтому имя, подчёркивающее конное богатство, было престижным. Фамилия Атобоев, следовательно, происходит от этого имени через обычную для тюркских языков модель: к основе на согласный добавлялся русский патронимический суффикс -ев, дающий значение «сын Атобоя». Именно суффикс -ев, а не -ин, прямо указывает на то, что исходное имя заканчивалось на согласный звук — в данном случае на «й» (Атобой). Это типичная модель для фамилий, образованных от тюркских имён.

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая основу с арабским словом «аттаб» (укор, упрёк). Однако тогда имя звучало бы как Аттаб, а не Атобой. Фонетика фамилии — устойчивый звук «о» в середине — сильнее склоняет к первой, «конной» версии.

Географически фамилия привязана к регионам, где русское население долго и плотно контактировало с тюркскими народами: Поволжье, Приуралье (Башкортостан, Татарстан), Западная Сибирь. Носители фамилии Атобоев — это потомки крещёных татар, башкир или представителей других тюркских групп. В XVIII–XIX веках, при переходе в православие или при записи в ревизские сказки, им давали фамилии по имени отца. Сословно предки Атобоевых, скорее всего, относились к государственным или ясачным крестьянам, реже — к казакам. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано.