Фамилия Атополиев — один из тех редких случаев, когда греческое происхождение не вызывает сомнений, но при этом фамилия прочно обрусела. В основе лежит греческое слово «атопос» (άτοπος) — «странный», «необычный», «нелепый». Если разбирать словообразовательную модель, то здесь мы видим гибридную форму: греческий суффикс -и, к которому добавилось русское -ев. Такое оформление встречается у фамилий греческого духовенства или купечества, контактировавших с русской администрацией. Прямых аналогов среди славянских фамилий нет — это уникальный случай, когда основа осталась «чужой», а окончание стало «своим».

Вероятнее всего, фамилию образовали от прозвища Атопол (греч. Ατόπολος) — «чудак», «странный человек». Такое прозвище мог получить человек с необычным поведением, эксцентричными манерами или даже внешностью, выделявшейся на фоне окружающих. В греческой среде прозвища с корнем «атопос» фиксировались как именования людей, чьи поступки или характер выбивались из привычного уклада. Суффикс -иев указывает на патронимическую модель, характерную для греческих фамилий, которые адаптировались в русской среде: окончание -иев — это русифицированная версия греческого суффикса принадлежности, часто встречающаяся у выходцев из греческих колоний Приазовья и Новороссии.

Географически фамилия привязана к югу России и Украины — территориям компактного проживания греков: Мариуполь, Таганрог, Крым, Одесса. Массовое переселение греков из Крыма в Приазовье в конце XVIII века привело к появлению множества фамилий с греческими корнями, которые затем адаптировались под русские патронимические суффиксы. Атополиев — характерный пример такой адаптации. Сословно фамилия не привязана к дворянству или крестьянству: греки в Российской империи могли быть и купцами, и мещанами, и священниками. Поскольку прозвище «Атопол» носило личный, а не профессиональный характер, предки носителя фамилии могли заниматься чем угодно — от торговли до ремесла. Важно другое: фамилия не угасла и сохранила свою редкую форму, что делает её ценным маркером греческого следа в русской ономастике.