Фамилия Атпаев — редкий случай, когда географический адрес оказывается записанным прямо в родовом имени. Её основа — «Атпай» — это не прозвище и не профессия, а тюркский топоним, точнее, название села Атпай (встречается в Башкортостане и в западных районах Казахстана). Человек, получивший фамилию Атпаев, скорее всего, был выходцем из этого населённого пункта: «Атпаев» буквально значит «из Атпая».

Почему версия с географическим названием выглядит убедительнее других? В тюркских языках «атпай» может разлагаться на «ат» (конь) и «пай» (часть, доля), что даёт прозвище «конная доля» или «всадник, имеющий долю в табуне». Но фамилии, образованные от таких прозвищ, обычно оформляются иначе — через суффикс принадлежности или без него (ср. Атпаев vs. Атпай). Форма на -ев, характерная для русской модели, накладывается на уже готовый топоним, а не на прозвище: так возникали фамилии переселенцев, которых записывали по месту выхода.

Суффикс -ев (вместо более частого -ов) указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или йот. В случае с «Атпай» это закономерно: конечный -й смягчается, и при добавлении фамильного суффикса получается именно Атпаев, а не Атпайов. Такая модель типична для фамилий, вошедших в русский обиход из тюркской среды в XVI–XIX веках, когда переселенцев из Поволжья и Приуралья фиксировали по названиям их родных деревень.

Социально Атпаевы, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, реже — казаками, если село стояло на пограничной линии. Дворянской ветви у этой фамилии нет: в родословных книгах она не встречается, а значит, предки не имели привилегированного статуса. Сейчас фамилия редкая, её носители живут в основном на Южном Урале и в Казахстане, что подтверждает исходную привязку к конкретному региону.