Фамилия Атрафикова — женская форма, а мужская, Атрафиков, образована по стандартной русской модели: суффикс -ов- отвечает на вопрос «чей?» и указывает на потомка человека по имени или прозвищу Атрафик. Разберём, что скрывается за этой основой.

Имя Атрафик — редкое. Наиболее вероятно, что это тюркская адаптация арабского имени Атраф (или Атруф) с уменьшительно-ласкательным суффиксом -ик. В арабском языке у слова «атраф» несколько значений: «край», «сторона», а также «благородный», «щедрый». В тюркской среде, особенно у татар и башкир, такие имена встречаются, хоть и нечасто. Менее убедительна версия, что Атрафик — искажённое при крещении имя вроде Адриан или Афанасий: корень «атраф» слишком хорошо сохранился, чтобы это было случайным искажением.

География фамилии указывает на Поволжье и Приуралье — регионы, где веками пересекались русские, татарские и башкирские традиции. Атрафиковы встречаются и у русских, и у татар, и у башкир. Если фамилия фиксируется в документах XVIII–XIX веков, предки, скорее всего, были крестьянами или мещанами, реже — служилыми людьми.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт дополнительный штрих. Атрафин и Атрафьев — вероятно, более ранние варианты, возникшие от прозвищ на -я. Атрафиков же — более поздняя форма, созданная по продуктивной и универсальной модели. В итоге фамилия Атрафикова — редкий случай, когда восточное имя, пройдя через русскую суффиксацию, почти не изменило свой исходный облик.