Фамилия Атрафикова — женская форма мужской фамилии Атрафиков. Её основа восходит к личному имени или прозвищу Атрафик. Словообразовательная модель здесь типичная для русских фамилий: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?»), то есть Атрафиков — сын или потомок Атрафика.

Само имя Атрафик — редкое и неочевидное. Скорее всего, это вариант или производная от арабского имени Атраф (или Атруф), которое в тюркской среде могло адаптироваться с уменьшительно-ласкательным суффиксом -ик. Атраф в арабском означает «край», «сторона», а также «благородный», «щедрый». В тюркских языках, например в татарском или башкирском, подобные имена встречаются, хотя и нечастотны. Нельзя исключать и более простую версию: Атрафик — искажённое при крещении имя типа Адриан или Афанасий, но это менее вероятно из-за сохранения корня «атраф».

Регионально фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью, где исторически сильны тюркские и исламские влияния. Встречается и у русских, и у татар, и у башкир — как следствие межэтнических контактов. Сословно предки Атрафиковых могли быть крестьянами или мещанами, реже — служилыми людьми, если фамилия фиксируется в документах XVIII–XIX веков.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Атрафин, Атрафьев) показывает, что Атрафиков — более поздняя форма, образованная по продуктивной модели, тогда как Атрафин мог возникнуть раньше, от прозвища на -я. В целом, фамилия Атрафикова — редкий пример того, как восточное имя, пройдя через русскую суффиксацию, сохранило свой исходный облик почти без изменений.