Фамилия Ауэр — одна из тех, что прямо указывает на ландшафт, в котором жили предки. В её основе лежит немецкое прозвище, данное человеку по месту жительства. Корень фамилии восходит к топонимам Ау (Au) или Ауэ (Aue) — так назывались и называются селения в южной Германии и Швейцарии. Сами эти названия произошли от верхненемецкого слова ouwe, что означает «водный луг» или «низина, где протекает река». Иначе говоря, предки носителей фамилии Ауэр жили на сырой, заливной пойме с сочной травой — именно эта особенность местности и дала имя их роду.

Модель образования фамилии проста и типична для немецкой ономастики: к названию местности (Ауэ) добавили суффикс принадлежности -er, который в данном случае означает «житель» или «выходец из». Таким образом, Ауэр — это «тот, кто с Ауэ» или «житель приречного луга». Похожим образом устроены немецкие фамилии Бергер (житель горы), Бахман (житель у ручья) или Тальман (житель долины).

Иногда фамилию Ауэр ошибочно причисляют к «искусственным» еврейским фамилиям, которые массово присваивались в Австрийской империи и Пруссии в начале XIX века. Действительно, тогда появились фамилии вроде Вейценбаум (пшеничное дерево), Зауэрштром (кислый поток) или Цигенбаум (козье дерево). Однако Ауэр к этому списку не относится. Это не придуманная чиновником «украшающая» фамилия, а естественное прозвище, возникшее задолго до обязательной регистрации фамилий. Она встречается у немецких, австрийских, а позже и у еврейских носителей, но её корни — в реальном географическом названии, а не в канцелярском произволе.

Наибольшую известность фамилии принёс Леопольд Семёнович Ауэр (1845–1930), скрипач, дирижёр и выдающийся педагог. Венгр по рождению, он большую часть жизни проработал в России и считается основателем так называемой русской скрипичной школы. Преподавая в Петербургской консерватории с 1868 по 1918 год, он воспитал свыше трёхсот учеников, среди которых такие звёзды, как Яша Хейфец, Миша Эльман, Ефрем Цимбалист и Константин Горский. Благодаря Леопольду Ауэру фамилия прочно ассоциируется с миром академической музыки, хотя её первоначальный смысл гораздо прозаичнее и прочнее связан с землёй и водой.