Фамилия Ауканова — женская форма, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом Ауканов. В основе лежит личное имя или прозвище Аукан. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Ауканов буквально означает «сын Аукана» или «потомок Аукана». Это типичная русская патронимическая модель, которая к XVII–XVIII векам закрепилась как наследственная фамилия.

Само имя Аукан — редкое и неоднозначное. Самая вероятная версия: это диалектная или разговорная форма крестильного имени Аввакум (от древнееврейского «объятие Божье»). В русской народной среде имя Аввакум часто сокращали до Аввакан, Абакум, а затем — до Аукан. Такой переход (Аввакум → Аукан) возможен из-за редукции начального слога и замены звуков. Подтверждение этому — фамилия Ауканов встречается в тех же регионах, что и Абакумов, Аввакумов: на Русском Севере, в Поволжье и на Урале. Ономасты, в частности Б. Унбегаун, отмечали подобные стяжения как характерную черту народной этимологии, когда длинное церковное имя «обкатывалось» в быту до короткого и удобного.

Менее вероятная версия — связь с тюркским корнем «аук» (охота, охотник). Она слабая: в тюркских языках слово «аук» не образует личных имён, а фамилия Ауканова не типична для татарской или башкирской ономастики. Скорее всего, это позднее совпадение звучания.

География фамилии Ауканова сегодня — преимущественно европейская часть России, с заметным числом носителей в Самарской, Оренбургской областях и в Башкортостане. Это косвенно подтверждает северно-русское или волжское происхождение, так как именно туда в XVI–XVII веках переселялись крестьяне и казаки с Поморья. Сословно Аукановы, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилия не дворянская, не купеческая — в родословные книги она не попала.

Можно заметить и редкую модель образования: в отличие от массовых фамилий на -ов от полных форм (Иванов, Петров), Ауканов произошёл от краткой, почти просторечной основы. Это ставит её в один ряд с такими фамилиями, как Тараканов или Абакумов, где исходное имя подверглось сильному фонетическому сжатию. За этим стоит живой процесс народного словообразования, когда церковное имя переплавлялось в бытовое, а потом — в фамилию.