Фамилия Аукенова — женская форма, образованная от мужской фамилии Аукенов. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант, который, скорее всего, восходит к личному имени Аукен. Это имя, в свою очередь, — диалектная или фонетическая форма от Аукан, распространённого в казахской и тюркской среде. Корень «аук» или «ау» может означать «звук», «голос», «крик», а в переносном смысле — «зовущий» или «громогласный». Однако есть и другая версия: имя Аукен могло быть вариантом арабского имени Аукам (с изменением «м» на «н» под влиянием местного произношения), что значит «сильный» или «могучий».

Словообразовательная модель проста: к основе Аукен добавили русский патронимический суффикс -ов, характерный для фамилий, которые фиксировались в официальных документах Российской империи в XIX — начале XX века. Это типичный пример, когда национальное имя «обрусело» в фамилии по русскому образцу. Окончание -а в женской форме Аукенова указывает на принадлежность к роду: дочь или жена человека по фамилии Аукенов.

Географически фамилия Аукенова встречается в Казахстане и среди казахской диаспоры, реже — в соседних регионах России, граничащих с Казахстаном. Предки носителей этой фамилии, вероятно, были кочевниками или оседлыми скотоводами, и имя Аукен давалось ребёнку как пожелание звонкого голоса или силы. В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий, Аукенова — «чистая» патронимическая фамилия, прямо указывающая на имя предка.

Стоит отметить, что в некоторых тюркских языках встречается схожее имя Ауке, которое могло трансформироваться в Аукен через добавление уменьшительного суффикса -ен. Если так, то фамилия несёт оттенок ласкательности: «маленький Ауке» или «сын Ауке». В любом случае, Аукенова — редкий пример фамилии, которая сохранила в основе доисламское или раннеисламское имя, не стёртое временем.