Фамилия Акенова — женская форма, поэтому разумнее начать с мужского варианта Акенов, а затем уже перейти к женскому окончанию. Основа здесь — имя или прозвище Акен. Скорее всего, это обиходная, сокращённая форма от канонического имени Иоаким, которое в русской народной традиции превратилось в Яким или Аким. В южных говорах и в Поволжье начальное «А» закрепилось, а гласный «и» редуцировался: Аким дал форму Акен. Уменьшительный суффикс -ен- (как в Петреня, Матреня) добавлял фамильярно-ласкательный оттенок, так что Акен — это буквально «маленький Аким» или «сын Акима».

Менее распространённая, но не лишённая оснований версия выводит фамилию из тюркских языков. В казахском и башкирском есть слово «ақын» — поэт-импровизатор, сказитель. В русской записи оно могло дать фамилии Акин или Акен. Однако суффикс -ов/-ев в фамилии Акенов указывает на восточнославянскую модель образования (русскую, украинскую или белорусскую), а не на прямую тюркскую. Поэтому версия с именем Аким/Яким выглядит убедительнее: фамилию носили русские крестьяне или посадские люди, в чьих семьях имя Аким было распространено.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов (в женском роде -а) указывает на принадлежность: «чей?» — Акенов, то есть сын или потомок Акена. Никаких сложных приставок или редких окончаний здесь нет. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Акимов, Якимов, Екимов, — то Акенов стоит особняком: он образован не от полной формы имени, а от уменьшительной, что говорит о бытовом, неофициальном происхождении прозвища. Интересно, что фамилия Акенов не встречается в старых дворянских родословных книгах — это типично крестьянская или мещанская фамилия. Её носители, скорее всего, были выходцами из центральных или южных губерний России, где имя Аким бытовало чаще, чем на севере. В современных справочниках фамилия Акенова фиксируется как редкая, с концентрацией в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане — регионах, где пересекались русские и тюркские традиции, что могло усилить и вторую версию происхождения.