Фамилия Акенина — одна из тех русских фамилий, которые образовались от народной, разговорной формы церковного имени. В её основе лежит имя Акеня — производная форма от мужского крестильного имени Авксентий. Само имя Авксентий пришло на Русь из Византии вместе с христианством, а его древнегреческий корень означает «растущий» или «увеличивающийся». В церковной истории известен святой Авксентий, который служил при дворе императора Феодосия Младшего (правил в 418–450 гг.) и прославился как учёный и добродетельный человек, друживший с благочестивыми мужами своего времени.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Акен- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Акени). Такая модель типична для центральных регионов России и севера, где фамилии на -ин особенно распространены. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются на юге и востоке, Акенина — характерный пример северно- и среднерусского именования.

Скорее всего, основатель рода Акениных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Фамилия не относится к дворянским или купеческим: в старинных документах и ревизских сказках носители этой фамилии встречаются в среде государственных крестьян и мещан. Сама форма Акеня — краткая, обиходная — тоже указывает на простонародное происхождение: в крестьянской среде полные церковные имена часто сокращали и переделывали на свой лад.

Интересная особенность фамилии — её относительная редкость. В отличие от однокоренных Авксентьев или Аксёнов (которые восходят к тому же имени, но через разные варианты), Акенина встречается гораздо реже. Это говорит о том, что прозвище Акеня бытовало локально, в определённой местности, и не получило широкого распространения по всей России. Таким образом, потомок человека, которого в быту звали Акентий (или просто Акеня), со временем получил фамилию Акенина.