Фамилия Акенин происходит от просторечной формы крестильного имени Авксентий. В переводе с древнегреческого это имя означает «растущий». Исходная основа — Акеня, уменьшительно-обиходный вариант, который в народной среде вытеснил полную церковную форму. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Акени. Так потомок человека по имени Акентий (или Акеня) со временем получил фамилию Акенин.

Модель образования здесь типична для русских фамилий XVI–XVII веков: от краткого имени или прозвища прибавляли притяжательный суффикс, и за детьми закреплялось родовое прозвание. Любопытно, что полное имя Авксентий в святцах встречается редко, а его просторечные формы — Авксен, Оксен, Акеня — были куда распространённее в крестьянской и посадской среде. Поэтому фамилия Акенин могла бытовать в регионах, где имя Авксентий знали в обиходе, а не по церковным записям.

В отличие от более частых фамилий на -ов, вариант на -ин характерен для основ, оканчивающихся на -а или -я. Акенин — не исключение: исходное Акеня дало именно такую форму. По той же модели образованы фамилии Авксентьев (от полного имени) и Оксенов (от варианта Оксен), но Акенин стоит особняком, сохранив редкую народную огласовку. Никаких других надёжных версий происхождения — от прозвища или топонима — у этой фамилии нет. Словари русских фамилий (например, работы Б. Унбегауна) подтверждают связь с каноническим именем через просторечную форму.