Фамилия Акенин — из числа тех русских фамилий, что образовались от канонического церковного имени через его обиходную, усечённую форму. В основе лежит мужское крестильное имя Авксентий (от древнегреческого «ауксанo» — «растущий», «умножающий»). В быту это длинное имя часто сокращали: так на свет появилась просторечная форма Акеня (или Акентий). Суффикс -ин указывает на принадлежность: Акенин буквально значит «сын Акени» или «из дома Акени».

Модель образования здесь классическая для XVI–XVIII веков: от разговорного варианта имени с помощью притяжательного суффикса. Аналогично возникли фамилии Авксентьев (от полной формы) и, например, Аксёнов (от Аксён — той же основы, но с другим суффиксом). Акенин — более редкий вариант, сохранивший начальное «А» и мягкое окончание основы.

О точном месте и времени появления фамилии говорить сложно: процесс шёл неравномерно, и документальные свидетельства могли не сохраниться. Однако, судя по модели, фамилия могла закрепиться в среде крестьян или посадских людей — именно в этих сословиях чаще использовали обиходные формы имён. Встречается Акенина и сегодня, но фамилия нечастотная, что делает её любопытным памятником живой народной речи, адаптировавшей церковное имя к повседневному быту.