Фамилия Аукен — редкий случай в русском ономастиконе. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не заканчивается на суффиксы принадлежности (-ов, -ин, -ский). Это указывает на то, что перед нами не исконно русская фамилия, а заимствованная, сохранившаяся в исходной форме. Чаще всего такие фамилии приносили в Россию переселенцы из Западной Европы, Прибалтики или тюркских регионов, и их не переделывали на «русский лад».

Наиболее вероятна версия о немецком или голландском происхождении. Фамилия Аукен (Auken) распространена в Нидерландах и на северо-западе Германии. Она образована от личного имени Auke — краткой формы древнегерманского имени, начинавшегося на «Adal-» (благородный), например, Adalbert или Adalolf. Суффикс -en в немецких фамилиях часто указывает на происхождение от личного имени (патроним), то есть Аукен — «потомок Ауке». Если предок носителя фамилии был выходцем из немецких колоний (например, поволжских или прибалтийских), он мог получить эту фамилию при фиксации.

Вторая, менее распространённая версия — тюркская. В казахском и башкирском языках есть имя Аукен (Әукен), которое восходит к арабскому «аулия» (святой, угодник) через диалектные формы. Однако в таком случае фамилия должна была бы писаться с мягким знаком или окончанием на -ов (Аукенов). Форма без окончания характерна именно для европейских языков. Поэтому, хотя полностью исключать тюркский след нельзя, немецкая версия выглядит убедительнее с точки зрения словообразования.

Географически фамилия Аукен в России встречается крайне редко и локально. Основные очаги — Калининградская область, Поволжье и Санкт-Петербург, то есть регионы традиционного расселения этнических немцев. В дореволюционных метрических книгах её можно найти в лютеранских приходах. Социальный состав носителей был разным: от крестьян-колонистов до ремесленников и мещан. Известных исторических личностей с такой фамилией нет, что только подтверждает её «нестоличное» бытование.