Фамилия Аукен — редкий случай в русском ономастиконе, и её необычная форма сразу даёт ключ к разгадке. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не заканчивается на суффиксы принадлежности (-ов, -ин, -ский). Отсутствие такого окончания — главный признак того, что перед нами не исконно русская фамилия, а заимствованная, сохранившаяся в исходном виде. Чаще всего такие фамилии приносили в Россию переселенцы из Западной Европы, Прибалтики или тюркских регионов, и их не переделывали на «русский лад».

Наиболее вероятна версия о немецком или голландском происхождении. Фамилия Аукен (Auken) распространена в Нидерландах и на северо-западе Германии. Она образована от личного имени Auke — краткой формы древнегерманского имени, начинавшегося на «Adal-» (благородный), например, Adalbert или Adalolf. Суффикс -en в немецких фамилиях часто указывает на происхождение от личного имени (патроним), то есть Аукен буквально означает «потомок Ауке». Если предок носителя фамилии был выходцем из немецких колоний (например, поволжских или прибалтийских), он мог получить эту фамилию при фиксации в документах.

Вторая, менее распространённая версия — тюркская. В казахском и башкирском языках есть имя Аукен (Әукен), которое восходит к арабскому «аулия» (святой, угодник) через диалектные формы. Однако здесь вступает в силу словообразовательная логика: если бы фамилия была тюркской по происхождению, в русской записи она почти наверняка получила бы окончание -ов (Аукенов) или -ев, чтобы вписаться в систему русских фамилий. Форма без окончания характерна именно для европейских языков. Поэтому, хотя полностью исключать тюркский след нельзя, немецкая версия выглядит убедительнее.

Географически фамилия Аукен в России встречается крайне редко и локально. Основные очаги — Калининградская область, Поволжье и Санкт-Петербург, то есть регионы традиционного расселения этнических немцев. В дореволюционных метрических книгах её можно найти в лютеранских приходах. Социальный состав носителей был разным: от крестьян-колонистов до ремесленников и мещан. Известных исторических личностей с такой фамилией нет, что только подтверждает её «нестоличное» бытование: это фамилия не знати, а трудовых людей, пустивших корни на чужбине.