Фамилия Аухадеева происходит от мужского имени Аухадей. В основе лежит арабское слово, которое переводится как «единственный». Скорее всего, так называли долгожданного или единственного сына в семье. В более широком смысле имя могло означать «исключительный», «выдающийся», указывая на особые качества человека, а не только на порядок рождения.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Аухадей добавили патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Таким образом, Аухадеев — это буквально «сын Аухадея». Женская форма Аухадеева указывает на принадлежность к этому роду по отцу или мужу.

Имя Аухадей — редкое для русской антропонимии. Оно пришло вместе с исламской традицией именования, поэтому фамилия Аухадеева типична для татарских и башкирских семей, а также встречается у других народов, исповедующих ислам, в Поволжье и на Урале. В отличие от фамилий на -ин или -ов, образованных от славянских имен, эта фамилия чётко указывает на восточное, арабское происхождение родового имени.