Фамилия Аутарханов сразу обращает на себя внимание нехарактерным для русского языка звучанием. Её основа явно не славянская, и корни ведут на Кавказ, в чеченскую или ингушскую среду. Разберём её по составу: Аутархан — это личное имя, к которому добавлен русский патронимический суффикс -ов. Такая модель типична для многих народов, вошедших в состав Российской империи: при переписях и учёте фамилии образовывали по привычному для чиновников образцу — имя отца плюс окончание «-ов».

Само имя Аутархан составное. Первая часть, «Аута», восходит к чеченскому слову «ӏутар» — «хутор», «отдельное поселение», «выселок». В таком случае имя могло означать «хуторянин» или «владелец хутора». Вторая часть — «хан» — тюркский титул, широко распространённый на Северном Кавказе, означающий «правитель», «князь». Полное имя Аутархан, скорее всего, давалось как пожелание или указание на статус: «князь своего хутора», «властелин поселения». В чеченской ономастике такие составные имена с титулом «хан» не редкость (например, Эльмурза, Хамзат), и они не обязательно указывали на реальное княжеское происхождение — часто это было просто престижное, укрепительное имя.

Географически фамилия Аутарханов почти наверняка привязана к Чечне или Ингушетии. Среди чеченских тейпов (родовых объединений) есть тейп Аутархой, название которого имеет ту же основу «аутар». Носители фамилии, вероятно, происходят именно оттуда. В чеченской традиции фамилии в современном понимании (с суффиксом -ов) закрепились относительно поздно, в XIX–XX веках, при советской паспортизации. До этого человека идентифицировали по имени отца и принадлежности к тейпу.

В написании фамилии возможны варианты: через «о» — Аутарханов, или через двойное «т» — Ауттарханов. Встречается и форма Аутарханов, где ударение, скорее всего, падает на последний слог — на «а», хотя в русском языке может смещаться. Несмотря на тюркский элемент «хан», сама фамилия не является татарской или кумыкской — её чеченское происхождение подтверждается и структурой имени, и регионом бытования.