Фамилия Авганов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она напоминает множество фамилий на -ов, образованных от личных имён или прозвищ, но её основа вызывает споры.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским именем Авган (Авган). В тюркских языках, в частности в казахском, киргизском и татарском, слово «авган» (или «ауган») означает «беглец», «скиталец», «изгнанник». Так могли прозвать человека, который покинул родные места, переселился или был вынужден бежать. Прозвище Авган давали не в обиду, а как характеристику судьбы — например, пришлому человеку без рода и племени. В русской среде это прозвище адаптировали по модели отчества: сын Авгана стал Авгановым. Суффикс -ов указывает на принадлежность, типичную для русских фамилий XVI–XVII веков.

Менее убедительна версия об этнониме «афганец». Фонетически «Авган» близко к «афган», но в русских говорах глухой «ф» на конце слова часто заменяли звонким «в»: «авганец» вместо «афганец». Однако фамилия Авганов встречается в Поволжье и на Южном Урале, где контакты с выходцами из Афганистана были минимальны. Вероятнее, что это местное тюркское имя, а не указание на национальность предка.

География фамилии подтверждает её тюркские корни. Авгановы чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это зона активного русско-тюркского пограничья, где фамилии подобного типа — обычное дело. По сословной принадлежности предки Авгановых скорее всего были государственными или ясачными крестьянами, реже — казаками.

С точки зрения словообразования фамилия проста: основа Авган- плюс фамильный суффикс -ов. Фонетическая форма без редукции гласных (Авганов, а не Авгонова) говорит о том, что ударение в фамилии фиксированное — на втором слоге: Авга́нов. Встречается и ударение на последний слог (Авгано́в), но это региональный вариант, не меняющий этимологии.

Таким образом, фамилия Авганов — это русская по форме, но тюркская по происхождению фамилия, восходящая к прозвищу или имени Авган, которое означало «скиталец» или «изгнанник». Носитель этой фамилии, скорее всего, потомок тюркоязычного предка, жившего в смешанной русско-татарской или русско-башкирской среде.