Фамилия Авганов редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. С одной стороны, она построена по самой распространённой русской модели — основа плюс суффикс -ов. С другой — корень у неё нерусский, и вокруг него сложилось несколько версий.

Наиболее убедительная из них связывает фамилию с тюркским именем или прозвищем Авган. В казахском, киргизском и татарском языках слово «авган» (или «ауган») означает «беглец», «скиталец», «изгнанник». Так могли назвать человека, который покинул родные места, переселился или был вынужден бежать. Прозвище давали не в обиду, а как характеристику судьбы — например, пришлому человеку без рода и племени. В русской среде это прозвище адаптировали по модели отчества: сын Авгана стал Авгановым. Суффикс -ов как раз и указывает на принадлежность — типичный для русских фамилий XVI–XVII веков способ сказать «чей?».

Менее убедительна версия об этнониме «афганец». Фонетически «Авган» близко к «афган», и в русских говорах глухой «ф» на конце слова часто заменяли звонким «в»: «авганец» вместо «афганец». Однако фамилия Авганов встречается в Поволжье и на Южном Урале, где контакты с выходцами из Афганистана были минимальны. Вероятнее, что это местное тюркское имя, а не указание на национальность предка.

География фамилии это подтверждает. Авгановы чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях — зоне активного русско-тюркского пограничья. По сословной принадлежности предки Авгановых скорее всего были государственными или ясачными крестьянами, реже — казаками.

Словообразование простое: основа Авган- плюс фамильный суффикс -ов. Фонетическая форма без редукции гласных (Авганов, а не Авгонова) говорит о том, что ударение в фамилии фиксированное — на втором слоге: Авга́нов. Встречается и ударение на последний слог (Авгано́в), но это региональный вариант, не меняющий этимологии.

Получается, что фамилия Авганов — русская по форме, но тюркская по происхождению. Она восходит к прозвищу или имени Авган, которое означало «скиталец» или «изгнанник». Носитель этой фамилии, скорее всего, потомок тюркоязычного предка, жившего в смешанной русско-татарской или русско-башкирской среде.