Фамилия Аводнин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить самые натянутые версии, остаётся одна основная линия, и она связана не с личным именем, а с прозвищем или профессией.

Корень «Аводн-» не встречается в списке древнерусских канонических имён. Скорее всего, в основе лежит прозвище Авдо́ня (с ударением на «о»), образованное от глагола «авдонить» — в некоторых южнорусских говорах это означало «громко кричать, реветь, плакать навзрыд». Человек с таким прозвищем мог получить его за голосистость, сварливый нрав или, напротив, за манеру причитать. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Авдони, то есть Аводнин.

Менее вероятно, но допустимо, что фамилия восходит к диалектному слову «аводь» — так в рязанских и тамбовских говорах называли оводов (насекомых). Прозвище Аводь могли дать надоедливому или суетливому человеку, а затем фамилия закрепилась как Аводьнин и со временем упростилась до Аводнин. Однако вторая версия слабее, поскольку в старых документах и переписях такая форма почти не фиксируется.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью, где глагол «авдонить» был в ходу. Встречаемость крайне низкая, что типично для фамилий, образованных от локальных, нелитературных слов. В официальных списках XIX века Аводнины чаще всего числились государственными крестьянами или однодворцами.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Авдонин, Авдонькин — показывает, что исходное прозвище могло звучать и как Авдоня, и как Авдон. Форма Аводнин, вероятно, закрепилась из-за акающего произношения: в южных говорах безударное «о» читалось как «а», и на письме отразилось именно так. Таким образом, фамилия — живой след местного говора, а не книжного имени.