Фамилия Аводнин встречается редко, и её происхождение не лежит на поверхности. Главная версия отталкивается не от церковного имени, а от живого диалектного слова.

В основе фамилии, скорее всего, лежит прозвище Авдо́ня. В южнорусских говорах глагол «авдонить» означал «громко кричать, реветь, плакать навзрыд». Такое прозвище мог получить голосистый человек, сварливый сосед или тот, кто имел обыкновение громко причитать. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Аводнин — это «сын Авдони». Форма с буквой «а» в корне (Аводнин вместо Авдонин) закрепилась из-за акающего произношения, свойственного южным говорам: безударное «о» звучало как «а» и со временем отразилось на письме.

Существует и вторая, менее убедительная версия. В рязанских и тамбовских говорах словом «аводь» называли оводов. Прозвище Аводь могли дать надоедливому или суетливому человеку. В таком случае фамилия могла выглядеть как Аводьнин, а затем упроститься до Аводнин. Однако эта гипотеза слабее: в старых переписях и документах форма «Аводь» почти не встречается.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью — именно там был в ходу глагол «авдонить». Встречаемость фамилии крайне низкая, что типично для фамилий, образованных от локальных, нелитературных слов. В официальных списках XIX века Аводнины чаще всего числились государственными крестьянами или однодворцами.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Авдонин, Авдонькин — показывает, что исходное прозвище могло звучать и как Авдоня, и как Авдон. Фамилия Аводнин — не книжное заимствование, а живой след местного говора и народной речи.