Фамилия Айборода — редкая и необычная по звучанию, её корни уходят в северо-западные регионы России, в частности, в бывшие новгородские и псковские земли. В основе фамилии лежит прозвище, образованное от диалектного слова «ай» — междометия, выражающего боль, испуг или удивление (сравните: «ай!», «ай-ай-ай!»). Соединение этого восклицания со словом «борода» даёт яркую и немного ироничную характеристику: Айборода — это человек, который при виде или при упоминании бороды (возможно, своей собственной или чужой, длинной и неопрятной) восклицал «ай!». Такое прозвище могло закрепиться за носителем окладистой, торчащей в стороны или, наоборот, редкой и жалкой бороды, которая вызывала у окружающих (или у самого обладателя) именно такую реакцию.

Словообразовательная модель фамилии — бессуффиксная, она оформилась как фамилия путём «застывания» прозвища в именительном падеже. В русской ономастике это характерно для фамилий, происходящих от прозвищ-предложений (типа «Убейворота», «Нагиба»). В отличие от более частых фамилий на -ов/-ев, -ин, этот тип указывает на более раннее, допетровское происхождение, когда прозвище могло передаваться детям без изменений. Географически фамилия Айборода встречается в основном в Псковской и Ленинградской областях, что подтверждает её связь с диалектной зоной, где «ай» как восклицание было особенно употребительно.

Споров о происхождении фамилии почти нет, так как она прозрачна по составу. Менее вероятна, но возможна версия о связи с финно-угорским субстратом (например, от карельского «aija» — изгородь, забор), но тогда форма фамилии была бы иной — скорее, Айяборода или Айборода с иным ударением. Однако русская народная этимология — «ай, борода!» — гораздо убедительнее и подтверждается живым бытованием подобных прозвищ в северных говорах. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или посадской среды, где такие меткие, бытовые прозвища были обычным делом и нередко становились фамилиями.