Фамилия Айджанова образована от мужского имени Айджан, которое в переводе с тюркских языков (скорее всего, казахского или киргизского) означает «лунная душа» или «душа, подобная луне» (ай — «луна», жан — «душа, человек»). Это составное личное имя с поэтическим значением, характерное для народов Центральной Азии, где луна символизирует красоту, чистоту и спокойствие.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Айджан добавлен русский патронимический суффикс -ов, а затем женское окончание -а. Фамилия появилась в результате русификации тюркских имен в период Российской империи или советского времени, когда многие народы получали фамилии по отцу. Таким образом, Айджанова — это «дочь или жена человека по имени Айджан».

Особенность фамилии — её относительная редкость за пределами Средней Азии и Казахстана. В отличие от массовых русских фамилий, она не связана с ремеслом или прозвищем, а напрямую происходит от личного имени, что указывает на сравнительно позднее формирование (конец XIX — начало XX века). Носительницы фамилии, скорее всего, имеют корни в тюркоязычной среде, где имя Айджан было популярным, а затем закрепилось как фамильное обозначение в документах.

С точки зрения этимологии, возможна и альтернативная версия: в некоторых диалектах «айджан» могло быть уменьшительно-ласкательной формой от имени Айдар или Айбек, но основной вариант с прямым значением «лунная душа» считается более убедительным и распространённым в ономастике.