Фамилия Айджанова — одна из тех, где происхождение читается почти буквально. Она образована от мужского имени Айджан, которое переводят с казахского или киргизского как «лунная душа» или «душа, подобная луне». Состав здесь прозрачный: ай — «луна», жан — «душа, человек». Для тюркской антропонимики Центральной Азии такие поэтические составные имена типичны: луна в них — символ красоты, чистоты и спокойствия.

Словообразовательная модель простая и показательная. К основе Айджан прирастили русский патронимический суффикс -ов, а затем — женское окончание -а. Так тюркское личное имя превратилось в фамилию по стандартам Российской империи и советского делопроизводства. Айджанова буквально значит «дочь (или жена) человека по имени Айджан». Фамилия закрепилась в документах сравнительно поздно, в конце XIX — начале XX века, когда многие народы получали фамилии по отцу, и это отличает её от старых русских фамилий, образованных от прозвищ или названий ремёсел.

За пределами Средней Азии и Казахстана фамилия встречается редко. Её носительницы, скорее всего, имеют корни в тюркоязычной среде, где имя Айджан было популярным, а затем перешло в разряд фамильных обозначений. Иногда высказывают альтернативную версию: в некоторых диалектах «айджан» могло быть уменьшительно-ласкательной формой от имён Айдар или Айбек. Но основной вариант — с прямым значением «лунная душа» — в ономастике считается более убедительным и распространённым.