Фамилия Айгнина — редкий случай, когда в основе русской по форме фамилии лежит мусульманское женское имя. Она образована от имени Айгына, которое в тюркских языках означает «красивая, как луна», «луноликая». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Айгнина буквально значит «дочь или жена Айгыны».

Такая модель типична для русских фамилий, но необычна по гендерному признаку основы: чаще фамилии образуют от мужских имён. Айгына — женское имя, и фамилия Айгнина могла закрепиться за потомками женщины, которая носила это имя и пользовалась уважением в своей общине. Встречается и вариант написания Айгнина с ударением на первый слог, что характерно для некоторых тюркских заимствований.

Географически фамилия тяготеет к регионам с татарским или башкирским населением, а также к местам смешанного русско-тюркского пограничья — например, к Оренбуржью или Поволжью. Точное место и время возникновения рода можно установить только через генеалогические разыскания, но сама словообразовательная модель указывает на XVII–XIX века, когда активно шёл процесс русификации нерусских фамилий.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Айгин, Айгинин, Айгнаев — показывает, что Айгнина стоит особняком: в ней сохранён женский корень без дополнительных суффиксов, что делает её лингвистически прозрачной, но социально необычной. В русской антропонимике такие фамилии — редкость, и каждая из них заслуживает отдельного внимания историка или этнографа.