Фамилия Айкудинов образована от мусульманского мужского имени Айкудин по типичной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Айкудина». Само имя Айкудин — составное, тюркское по происхождению. Первая часть, «ай», в тюркских языках означает «луна», но в составе личных имён часто приобретает переносное значение «счастье, счастливый час». Вторая часть — «кудин» — это фонетический вариант слова «кудаш», которое образовалось от древнетюркского «куда» при помощи уменьшительно-ласкательного суффикса -ин. Само «куда» в тюркских и персидском языках означает «кум, сват» или «близкий родственник» (в персидском — «худ»). Таким образом, имя Айкудин можно буквально перевести как «счастливый младший кум» или «счастливый сват».

Имя Айкудин встречалось в среде татар и башкир, у которых были распространены двусоставные имена с компонентом «ай» (Айдар, Айбулат, Айтуган). Суффикс -ов в фамилии Айкудинов — классический русский патронимический формант, который в XVI–XVII веках закрепился за русскими фамилиями, а позже перешёл и к крещёным татарам, принявшим православие. Поэтому носители фамилии Айкудинов — это, скорее всего, потомки выходцев из тюркской среды, которые либо сохранили имя как фамилию, либо получили её при крещении от предка по имени Айкудин.

В русском языке фамилия редкая. Её основа не имеет ничего общего с греческим «ойкумена» или русским «кудесник», хотя на слух может показаться похожей. Спорные версии, связывающие фамилию с кавказскими или персидскими корнями без тюркского посредничества, маловероятны: слово «ай» как «луна» — общепризнанный тюркизм в антропонимии, а «кудин» — именно уменьшительная форма от тюркского «куда». Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону, где веками жили татары и башкиры, но точных статистических данных по её распространению нет.