Фамилия Аймаутова — женская форма, а мужской вариант — Аймаутов. Её происхождение уходит корнями в тюркские языки, скорее всего, казахский или башкирский. Основа «аймаут» или «аймауыт» не была личным именем, а возникла как прозвище или этническая характеристика.

Самая надёжная версия связывает фамилию со словом «аймак» (род, племя, община). В тюркских языках суффикс «-ут/-ыт» часто образует названия родов или групп людей — например, «ногай» и «ногайут». Значит, «аймаут» могло означать «принадлежащий к аймаку», «член родовой общины» или просто «земляк». Есть и вторая гипотеза: от личного имени Аймаут, где «ай» (луна) сочетается с арабским «маут» (смерть, гибель). Но такое имя звучит мрачно и редко встречается в тюркской антропонимии — «ай» обычно соединяют с позитивными понятиями (Айгуль, Айдар). Поэтому первая версия убедительнее.

Русский суффикс «-ова» добавили при русификации фамилии в XIX–XX веках. Это типичный способ адаптировать тюркские фамилии под русскую грамматику — так поступали в Оренбуржье, Поволжье и Казахстане. Фамилия редкая и нечастотная, что указывает на узколокальное происхождение: возможно, от названия конкретного рода или селения, которое не разошлось широко.

Любопытная деталь: в некоторых тюркских диалектах «аймаут» могло быть ироничным прозвищем для человека, который постоянно кичится своим родом или племенем. Тогда фамилия отражает не реальную родовую принадлежность, а характер предка — гордеца или спорщика. Такое прозвище могли дать человеку, который любил подчеркнуть знатность происхождения, даже если она была сомнительной.