Фамилию Айткожоев разбирают по двум тюркским основам: «айт» и «кожо». Первая часть восходит к глаголу со значением «говорить», «сказать», «называть». Вторая — «кожо» — это вариант произношения арабского слова «ходжа» (хозяин, господин, учитель). В казахском и киргизском языках «кожо» закрепилось как обозначение духовного лица, потомка пророка или просто уважаемого грамотного человека. Буквальное прочтение Айткожо — «сказавший ходжа» или «названный ходжой». Прозвище давали человеку, которого в народе признали авторитетным наставником или религиозным деятелем.

Суффикс -ев указывает на русскую паспортную адаптацию, типичную для народов Средней Азии и Казахстана в XIX–XX веках. Изначально фамилия звучала как Айткожо, а при записи в метрики или советские документы к ней добавили окончание по образцу русских фамилий на -ов/-ев. Носители фамилии сосредоточены в основном в Кыргызстане и на юге Казахстана, реже встречаются в Узбекистане. Это указывает на регион, где имя Айткожо бытовало как личное имя, а затем перешло в фамилию.

В казахской антропонимии есть схожая фамилия Айткожин — суффикс -ин указывает на иную модель образования, но корень тот же. Айткожоев же чётко сохраняет архаичную форму с компонентом «кожо», что говорит о более раннем закреплении прозвища до активной русификации. Родственные фамилии — Кожоев, Айтбаев — показывают, что основы «айт» и «кожо» могли использоваться отдельно, но их слияние в одну фамилию встречается реже. Это делает Айткожоева ценным для ономастики примером составного тюркского антропонима.

По социальному контексту предки носителя фамилии, скорее всего, принадлежали к духовному сословию или к роду, где уважали знатоков ислама. Прозвище Айткожо могли дать человеку, который часто выступал с проповедями или наставлениями, либо тому, кого в шутку или всерьёз называли «говорящим ходжой» — красноречивым учителем. Фамилия не имеет отношения к славянским корням и не связана с географическими названиями — это чисто родовое имя, перешедшее из личного прозвища.