Фамилия Айткожина — редкий случай, когда женская форма практически полностью вытеснила мужскую в повседневном обиходе. Мужской вариант — Айткожин — встречается реже, но именно от него образована женская версия с помощью суффикса -а. Сама же основа фамилии указывает на тюркское, скорее всего казахское, происхождение.

В центре фамилии лежит сложное имя Айткожа (Айтқожа), которое состоит из двух частей. Первая часть — «айт» — восходит к арабскому «ид» (праздник) или к глаголу со значением «говорить, произносить», но в контексте личных имён чаще связывается с праздничным днём (например, Айт — Курбан-байрам или Ураза-байрам). Вторая часть — «кожа» (қожа) — означает «господин», «хозяин», «наставник» или прямо указывает на происхождение от пророка Мухаммеда (сейид, потомок пророка). Таким образом, имя Айткожа можно перевести как «господин праздника», «рождённый в праздник господин» или «потомок пророка, родившийся в праздничный день».

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к полной форме личного имени Айткожа добавили русский патронимический суффикс -ин (в женском роде — -ина). Такое оформление характерно для фамилий, возникших у тюркских народов в XIX–XX веках, когда при переходе на русскую документацию исконные имена и прозвища адаптировали под стандарт русских фамилий. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Айткожин, то есть «сын (или дочь) Айткожи».

Географически фамилия Айткожина привязана к Казахстану и прилегающим регионам России (Оренбургская, Астраханская области), где компактно проживают казахи. Встречается она и среди татар, но реже. Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, потомки людей, носивших почётное имя Айткожа, что могло указывать на уважаемый род или на рождение в значимый для ислама день. Сословных ограничений фамилия не несёт — её могли принять и простые кочевники, и представители духовенства.

Ударение в фамилии, судя по типичной казахской просодии, падает на второй слог: Айткóжина. В русском языке возможен вариант с ударением на первый слог (Áйткожина), но он менее точен.