Фамилия Айткужин — редкий пример тюркской фамилии, которая закрепилась в русской среде через суффикс -ин, типичный для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я. Если бы фамилия осталась в исконной тюркской форме, она звучала бы как Айткужа или Айткужи. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Айткужин, то есть «потомок Айткужи».

Основа фамилии составная, и здесь стоит разобрать её по частям. Первая часть «Айт» восходит к глаголу «айту» — «говорить, сказывать» в казахском и других тюркских языках. Вторая часть «кужа» — вариант имени Кужа, которое в тюркской антропонимии означает «господин, хозяин, защитник». Получается, что имя Айткужа буквально переводится как «говорящий господин» или «сказанный хозяин». Однако в контексте личных имён такая конструкция чаще имела пожелательное значение: «пусть о нём говорят как о достойном господине» или «слово хозяина».

Географически фамилия Айткужин тяготеет к Оренбургской области и северо-западу Казахстана. Это зона, где исторически жили казахи Младшего жуза, и где в XIX веке активно шла русификация имён при записи в метрические книги и ревизские сказки. Именно тогда к тюркскому имени Айткужа приписали русский патронимический суффикс, превратив его в фамилию.

Сословно носители этой фамилии, скорее всего, были из среды простого казачества или крестьян-переселенцев. В дворянских родословных книгах она не встречается — это фамилия, возникшая в народной среде, без претензий на знатность. Среди однокоренных фамилий можно назвать Айткулов (от имени Айткул) и Айткалиев (от Айткали), где корень «айт» также означает речь или слово.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда первую часть «Айт» ошибочно связывают с арабским «айт» (знак, чудо), но для казахской ономастики это нетипично: в основе лежит именно тюркский глагол «говорить». Другая версия — что «Айт» восходит к названию мусульманского праздника (айт — вариант слова «ид»), но тогда имя звучало бы как Айткужа («праздничный господин»), что менее правдоподобно, так как в именах тюрков компонент «айт» в значении «праздник» почти не встречается.