Фамилия Айткужин — редкий пример того, как тюркское имя обросло русским патронимическим суффиксом и закрепилось в документах. В исконной форме она выглядела бы как Айткужа или Айткужи, но суффикс -ин (типичный для русских фамилий от основ на -а, -я) превратил её в привычную для русского уха форму. Суффикс отвечает на вопрос «чей?»: Айткужин — значит «потомок Айткужи».

Основа составная, и её разбор даёт ключ к значению. Первая часть «Айт» восходит к тюркскому глаголу «айту» — «говорить, сказывать». Вторая часть «кужа» — вариант имени Кужа, которое в тюркской антропонимии означает «господин, хозяин, защитник». Буквально имя Айткужа переводится как «говорящий господин» или «сказанный хозяин», но в контексте личных имён такая конструкция чаще имела пожелательное значение: «пусть о нём говорят как о достойном господине» или «слово хозяина».

Географически фамилия тяготеет к Оренбургской области и северо-западу Казахстана. Это зона расселения казахов Младшего жуза, где в XIX веке при записи в метрические книги и ревизские сказки активно шла русификация имён. Именно тогда к тюркскому имени Айткужа приписали русский патронимический суффикс, превратив его в фамилию. Сословно носители, скорее всего, происходили из простого казачества или крестьян-переселенцев — в дворянских родословных книгах эта фамилия не встречается.

Спорных версий немного. Иногда первую часть «Айт» ошибочно связывают с арабским «айт» (знак, чудо), но для казахской ономастики это нетипично: в основе лежит именно тюркский глагол «говорить». Другая версия — что «Айт» восходит к названию мусульманского праздника (айт — вариант слова «ид»), тогда имя звучало бы как Айткужа («праздничный господин»). Но в тюркских именах компонент «айт» в значении «праздник» почти не встречается, так что эта версия менее правдоподобна. Среди однокоренных фамилий — Айткулов (от имени Айткул) и Айткалиев (от Айткали), где корень «айт» также означает речь или слово.