Фамилия Айткужанов имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Айткужанов уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Айткужанов являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Айткужанов образована от мужского имени Айткужан, которое восходит к двум основам. Первая из них, тюркское слово «айт» - «праздник», вторая — «кужан» (от «кузен» - «хорёк»). Вероятно, это имя получил ребенок, родившийся в день какого-либо религиозного праздника. Имена, в состав которых входило название животного, также довольно распространены у тюркских народов. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Айткужанов способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Айткужанов представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.