Фамилия Айткужанов образована от мужского имени Айткужан, которое восходит к двум основам. Первая из них, тюркское слово «айт» - «праздник», вторая — «кужан» (от «кузен» - «хорёк»). Вероятно, это имя получил ребенок, родившийся в день какого-либо религиозного праздника. Имена, в состав которых входило название животного, также довольно распространены у тюркских народов.