Фамилия Айткужанов — тюркская по происхождению, образована от личного мужского имени Айткужан. Это составное имя, в котором соединились две основы. Первая часть — «айт» — в тюркских языках означает «праздник». Вторая — «кужан» — восходит к слову «кузен», то есть «хорёк». Таким образом, имя Айткужан можно перевести как «праздничный хорёк» или «хорёк праздника».

Имена с упоминанием животных — обычная практика у тюркских народов, где тотемные или просто бытовые названия зверей давали ребёнку как оберег или пожелание. В данном случае «кужан» могло символизировать ловкость, хитрость или осторожность. Первая же часть имени, «айт», указывает на обстоятельства рождения: вероятно, мальчик появился на свет в день большого религиозного торжества — например, на Курбан-айт или Ораза-айт. Такие имена фиксировали событие и служили напоминанием о празднике.

Фамилию Айткужанов образовали по стандартной для тюркских языков модели: к основе добавили русский суффикс -ов, который в Российской империи закрепился за многими нерусскими фамилиями при оформлении документов. Поэтому буквально Айткужанов — это «сын Айткужана».

Географически фамилия тяготеет к казахской среде, где имя Айткужан встречается чаще всего. Встречаются и варианты написания — через «г» (Айткужанов и Айткужанов), но суффикс остаётся неизменным. Других версий происхождения, кроме указанной выше, у этой фамилии нет: основа прозрачна, а альтернативные толкования (например, связь с арабским «айт» как «знак») не подтверждаются тюркской ономастикой.