Фамилия Айткужинов — яркий пример того, как тюркское имя, пройдя через русскую паспортную систему XIX–XX веков, превратилось в наследный родовой знак. Её основа — личное имя Айткужа, распространённое у казахов и башкир. Оно составное: первая часть «айт» восходит к глаголу «айту» (говорить, произносить) и в именах нередко указывает на дар красноречия или на то, что ребёнок был назван после молитвы. Вторая часть — «кужа», фонетический вариант персидского «хваджа» (господин, хозяин, наставник). Вместе имя означает «говорящий господин» или «красноречивый наставник».

Суффикс «-ов» здесь — стандартный русский патронимический формант, который прибавляли к тюркским основам при русификации. Он отвечает на вопрос «чей?» и буквально обозначает «потомок Айткужи». Такая модель типична для народов Поволжья, Урала и Казахстана, входивших в состав Российской империи. Варианты написания — Айткужин, Айткожин — связаны с особенностями передачи тюркских звуков кириллицей.

Географически фамилия чаще всего встречается среди башкир и казахов, особенно в Оренбургской, Челябинской областях России и в западных регионах Казахстана. Социальный контекст здесь не менее важен, чем корни: слово «кужа» в тюркской среде нередко указывало на уважаемого человека — знатока обычаев, религиозного деятеля или представителя кочевой аристократии. В башкирском языке есть устойчивое выражение «айтҡан һүҙ» — «сказанное слово», которое подчёркивает вес и авторитет, вкладывавшийся в имя Айткужа. Таким образом, фамилия Айткужинов несёт не только родственную, но и социально-статусную память: предки её носителей, скорее всего, были людьми, к чьему слову прислушивались.