Фамилия Айтпаева — женская форма фамилии Айтпаев, которая образована от мужского личного имени Айтпай. Это имя, в свою очередь, состоит из двух тюркских основ: «айт» (праздник, у казахов и киргизов — «айт», то есть религиозный праздник, например, Курбан-айт или Ораза-айт) и «бай» (богатый, господин, хозяин). Буквально имя Айтпай означает «богатый праздником» или «рождённый в праздник». Такие имена с компонентом «бай» были широко распространены в дореволюционной Средней Азии и Казахстане: их давали с пожеланием достатка и благополучия.

Фамилия Айтпаева типична для тюркоязычных народов, прежде всего для казахов и киргизов. Суффикс -ев (в мужском варианте -ев, в женском -ева) — это русский патронимический суффикс, который присоединялся к тюркским именам при оформлении фамилий в XIX–XX веках, особенно в период переписи населения и паспортизации. Таким образом, исходное имя Айтпай, пройдя через русскую бюрократическую традицию, превратилось в фамилию Айтпаев.

С точки зрения социального контекста, предки носителей фамилии Айтпаева, скорее всего, были простыми кочевниками или земледельцами. Имя Айтпай не указывает на знатное происхождение (в отличие от имён с титулами вроде «хан» или «султан»), а скорее отражает народную традицию называть детей по календарным событиям. Встречается фамилия и в среде каракалпаков, где тоже есть имя Айтбай с тем же значением.

В отличие от многих русских фамилий на -ов, которые часто происходят от прозвищ или профессий, Айтпаева — чисто патронимическая, то есть восходит к имени отца. Это сближает её с такими фамилиями, как Айткулов, Айтматов (от имени Айтмат — «праздничный верблюд»), но у Айтпаева основа короче и прозрачнее. В написании иногда встречается вариант Айтбаева (с буквой «б»), что ближе к исходному произношению, но в русской паспортной практике закрепилось написание через «п».