Фамилия Аюбджанова — редкий пример, в котором сплелись арабское имя и персидский титул. Её основа — составное мужское имя Аюбджан. Первая часть, Аюб, — это арабизированная форма библейского имени Иов (араб. Айюб), известного в исламской традиции как пророк, прославившийся терпением и стойкостью в страданиях. Вторая часть, -джан, — персидское слово, означающее «душа», «жизнь» или, в переносном смысле, «дорогой», «любимый». В составе имён и фамилий оно служит ласкательным или уважительным компонентом, характерным для Средней Азии, Ирана, Афганистана и тюркоязычных регионов. Таким образом, имя Аюбджан можно перевести как «дорогой, как пророк Аюб» или «душа Аюба».

Фамилия образована по русской модели при помощи суффикса -ов-, что типично для русификации фамилий народов бывшего СССР. Женская форма Аюбджанова указывает на то, что носительница — женщина, а мужская форма — Аюбджанов. Такое оформление говорит о том, что предки, скорее всего, жили на территории Российской империи или Советского Союза, где при записи в метрические книги или паспорта восточные имена и прозвища получали стандартные русские окончания.

Географически фамилия тяготеет к регионам с узбекским и таджикским населением, а также встречается у татар и народов Кавказа, где распространены персидские заимствования. Встречаемость её крайне низкая: это не массовая фамилия, а скорее локальная, передающаяся в одном или нескольких родственных кланах. Предки носителей вряд ли принадлежали к дворянству или духовенству — скорее, это были ремесленники, торговцы или крестьяне, получившие фамилию по имени отца, которого в быту звали уважительно-ласкательно Аюбджан.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, которые произошли от прозвищ или профессий, здесь мы видим прямой переход личного имени в фамилию без промежуточного прозвища. Это характерно для поздней фиксации фамилий (XIX — начало XX века), когда человека записывали сразу по полному имени отца.