Фамилия Аюев — редкий случай, когда корень слова почти наверняка ведёт не в славянский, а в тюркский мир. Основа здесь — «аю», что в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) значит «медведь». Суффикс «-ев» — русский патронимический, указывающий на принадлежность: «чей?» — Аюев, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Аю.

Само прозвище Аю могло быть как чисто бытовым — силач, медвежеватый, косолапый, — так и именем-оберегом. У тюркских народов было распространено давать ребёнку имя зверя, чтобы отпугнуть злых духов или, наоборот, передать ему звериную силу. Сравните с татарскими фамилиями Бурханов (от «бурхан» — волк) или Каплан (тигр). Аю — медведь, хозяин леса, фигура почитаемая.

География фамилии подтверждает тюркское происхождение. Аюевы чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях — то есть в зоне исторического контакта русских и тюркских народов. Это типичная «переходная» фамилия: тюркская основа получила русское оформление, когда предки переходили в православие или просто входили в русскую административную систему.

Интересная деталь: в русском языке слово «аю» не склоняется, оно застыло в именительном падеже. Это говорит о том, что прозвище было заимствовано уже в готовой форме, без переосмысления. Встречается и вариант Аюпов — с суффиксом «-ов»; оба варианта однокоренные, но Аюев, возможно, чуть более поздний, с «ев» вместо «ов» после мягкого окончания основы.

Дворянских родов Аюевых, насколько можно судить по доступным источникам, не было. Фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская, из числа служилых татар или башкир, которые несли сторожевую службу на юго-восточных рубежах России. В документах XIX века Аюевы упоминаются среди государственных крестьян и казаков Оренбургского войска.