Фамилия Айзуп — редкая и структурно необычная для русского языка. В ней нет привычных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, а основа звучит как иноязычное заимствование. Скорее всего, перед нами фамилия, принесённая в Россию переселенцами, и её корни уходят в немецкую или прибалтийскую среду.

Наиболее вероятное объяснение — происхождение от немецкой фамилии Eiszapf или её варианта. В буквальном переводе с немецкого «Eiszapf» означает «сосулька» (Eis — лёд, Zapf — шип, стержень). Такие прозвища в немецкоязычных землях могли давать человеку с холодным, невозмутимым характером, либо тому, кто жил возле ледника или родника с ледяной водой. Встречается и фамилия Eisup, которая могла возникнуть из диалектного произношения. В любом случае, при переселении в Российскую империю — особенно в Поволжье, где в XVIII–XIX веках селили немецких колонистов — фамилия могла обрусеть в написании и звучании, превратившись в Айзуп.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с прибалтийскими языками. В латышском есть слово «aizups» — «залив», «затон» (от aiz — за, upe — река). Такое прозвище могло относиться к человеку, жившему у речной излучины или в низине. Однако в латышской ономастике фамилии с корнем Aiz- обычно имеют другой суффикс, поэтому версия с немецким корнем выглядит убедительнее.

Суффикс -уп нехарактерен для русских фамилий, что подтверждает иноязычное происхождение. Встречаемость фамилии Айзуп крайне низкая: по открытым данным, основная масса носителей сосредоточена в Омской области и на юге Западной Сибири — регионах, куда в XIX веке активно переселяли немецких колонистов. Возможно, предки носителей фамилии были ремесленниками или крестьянами из немецких колоний, а сама фамилия со временем утратила прямой смысл и сохранилась как память о далёком прозвище или географическом названии.