Фамилия Ажеганова — женская форма фамилии Ажеганов, и её происхождение, скорее всего, связано с тюркскими языками. Основа «ажеган» или «ажыган» восходит к слову «ажы» (хаджи) — почётному титулу мусульманина, совершившего паломничество в Мекку. В татарском, башкирском, казахском языках «ажы» (хаджи) — распространённый компонент имён и прозвищ. Суффикс «-ган» — типичный тюркский аффикс, образующий причастия или прилагательные со значением «сделавший что-то» или «обладающий признаком». Таким образом, «Ажеган» можно перевести как «совершивший хадж» или «тот, кто стал хаджи». Фамилия фиксирует это прозвище за предком, который, вероятно, был уважаемым человеком в своей общине, возможно, религиозным деятелем или купцом, побывавшим в Мекке.

Словообразовательная модель проста: к тюркской основе «аже-» добавили формант «-ган», а затем русский патронимический суффикс «-ов», который указывает на принадлежность («чей?» — Ажеганов, то есть сын Ажегана). Фамилия могла появиться в среде татар, башкир, казахов или других тюркоязычных народов, принявших русскую фамильную систему в XIX — начале XX века. Географически она чаще встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где исторически проживают тюркские народы.

В отличие от многих фамилий на «-ов», здесь не было промежуточного отчества: прозвище Ажеган напрямую легло в основу. Это характерно для поздних фамилий, когда фиксировали не имя отца, а его личное прозвище. Споров о происхождении немного: версия с «хаджи» — основная и лингвистически прозрачная. Альтернативное объяснение от редкого арабского имени «Ажан» (с вариантами) менее вероятно, так как суффикс «-ган» в русских фамилиях почти всегда тюркский. Носительница фамилии Ажеганова может считать своими предками людей, чей социальный статус был связан с религиозным авторитетом или дальними путешествиями.