Фамилия Бабугоев — типичный пример того, как на Кавказе географическая или родовая общность становилась основой для фамильного имени. В основе лежит прозвище Бабугой, которое, скорее всего, относилось к конкретному человеку, а затем закрепилось за его потомками.

Самый прямой путь к значению фамилии — через кабардинское слово «баббакъ» или «бабуш», что значит «селезень» или «утка». Отсюда первая версия: прозвище мог получить охотник на водоплавающую дичь, либо человек, чья профессия или повадка ассоциировались с этой птицей. Однако в старину у народов Кавказа были распространены личные имена, образованные от названий животных и птиц, поэтому Бабугой могло быть и просто именем, данным ребенку по традиции.

Есть и менее очевидная, но бытовая версия. На Кавказе «бабуком» называли вдовца, который после смерти жены больше не женился. Такое прозвище давали мужчине, оставшемуся одиноким, и оно тоже могло перейти в фамилию. Какая из версий верна для конкретной ветви рода — теперь установить сложно, но обе имеют право на существование.

В документах начала XX века фамилия уже фиксируется. Известны, например, Бабугоев Бороко Герандукович (1867 года рождения, кабардинец из села Аргудан) и Бабугоев Газиз Увжукович (1909 года рождения). Эти записи подтверждают, что фамилия бытовала в кабардинской среде, в частности в Терской области.

Фамилия образована по стандартной для региона модели: к основе Бабугой прибавлен русский суффикс принадлежности -ев (вместо исконного -ов после мягкого согласного). Такой суффикс указывает на то, что носитель — потомок человека по прозвищу или имени Бабугой. С точки зрения словообразования, фамилия Бабугоев стоит в одном ряду с другими кабардинскими фамилиями, адаптированными к русской официальной документации.