Фамилия Бабялис образована от прозвища Бабял. Оно, предположительно, берет начало от литовского глагола babal|iuoti со значением «болтать, говорить». Вероятно, именование Бабял отражает особенности характера его обладателя. Так могли назвать разговорчивого и словоохотливого человека.