Фамилия Бабылханов сразу привлекает внимание необычным звучанием. Её основа — «Бабылхан» — явно не славянская, а тюркская или арабо-тюркская. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от личного имени, которое в свою очередь состоит из двух частей: «Бабыл» и «хан». «Бабыл» — это тюркская или персидская передача имени «Вавилон», города, известного ещё по библейским текстам. В мусульманской среде это имя могло появиться под влиянием Корана, где упоминается Вавилон (Бабиль) как место, где ангелы Харут и Марут обучали людей колдовству. Имя «Бабыл» могли дать с пожеланием силы, мудрости или в знак почитания древних знаний, хотя встречается оно редко. Вторая часть, «хан», — широко распространённый титул правителя или военачальника, который в составе личных имён на Кавказе и в Средней Азии часто служил пожеланием власти и благородства.

Русский суффикс «-ов» указывает на то, что фамилия сформировалась в среде, где был принят русский патронимический тип: «чей?» — Бабылханов, то есть сын или потомок Бабылхана. Такая модель характерна для народов, вошедших в состав Российской империи, особенно для тюркоязычных и кавказских групп населения. Географически фамилия с корнем «Бабыл» чаще всего встречается в Дагестане, Чечне и среди народов Северного Кавказа, где имя Бабыл (иногда в форме Бабил) фиксируется в аварских, кумыкских и чеченских родословных. Встречаемость фамилии невысокая, что объясняется редкостью самого имени-основы.

Если сравнивать с однокоренными, то напрашивается параллель с фамилией Бабилов или Бабилев, но там корень иной — от имени «Бабила» (из греческого «Вавилон»), и такие фамилии чаще встречаются у русских или украинцев. Бабылханов же стоит особняком: он чётко указывает на восточное происхождение и на то, что предок носителя был человеком заметным, раз носил имя с титулом «хан». Никаких данных о дворянстве или принадлежности к определённому сословию нет, и строить догадки здесь не стоит — фамилия бытовала в среде свободных общинников и воинов, где титул «хан» мог быть просто частью пожелательного имени, а не указанием на реальный статус.