Фамилия Бадуховская — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную версию. Суффикс -ск- указывает на происхождение от топонима: такую фамилию получал человек, владевший землёй в определённом месте или выходец оттуда. Основа «Бадух» заставляет искать на карте поселение с похожим названием. И оно есть: в Минской области Беларуси существует деревня Бадухово, а также урочище Бадуховщина в Витебской области. Скорее всего, первый носитель фамилии был либо помещиком, которому принадлежала деревня Бадухово, либо крестьянином, переселившимся оттуда и получившим прозвание по месту прежнего жительства.

Мужская форма — Бадуховский. Окончание -ая в женском варианте — чисто грамматическое, характерное для русской традиции склонения фамилий на -ский. В польской или белорусской среде та же фамилия звучала бы как Бадуховска.

Происхождение самого названия Бадухово спорное. Самая прямая версия — от личного имени Бадух. Это могло быть производное от Бадула (уменьшительное от Богдан или Бадей) либо от редкого крестильного имени Вадух (искажённое Вадим или Варфоломей). Есть и более экзотическое объяснение: в некоторых говорах «бадухой» называли человека с хриплым, осипшим голосом — от «бадухать» (кашлять, хрипеть). Но для фамилии, образованной через топоним, прозвищный корень менее вероятен: деревню вряд ли назвали бы в честь кашля.

Фамилия не относится к массовым. Её носители встречаются в основном в Беларуси и западных областях России, что подтверждает западнорусское или белорусское происхождение. В дореволюционных списках дворянских родов Бадуховские не значатся, так что, скорее всего, фамилия принадлежала мещанам или крестьянам, получившим её при переписях по месту рождения.