Фамилия Бадыганов — редкий случай, когда почти наверняка можно говорить не о русской, а о тюркской основе, переоформленной русским патронимическим суффиксом -ов. Корень здесь — «Бадыган», и это, скорее всего, адаптация мужского личного имени или прозвища.

Разберем словообразовательную модель. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Бадыганов, то есть сын или потомок Бадыгана. Само же имя Бадыган, вероятно, восходит к тюркскому «батыр» (богатырь, храбрец) с характерным для ряда тюркских языков озвончением и редукцией: «батыр» → «батырган» → «бадыган». В таком случае прозвище означало «сын богатыря» или «тот, кто подобен богатырю». Вторая, менее вероятная, но допустимая версия связывает основу с диалектным тюркским «бадык» — «большой палец» или «сильный», что тоже давало бы прозвище физически крепкому человеку.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где было сильно татарское, башкирское или казахское влияние, — например, к Поволжью, Южному Уралу или Западной Сибири. В русских документах она могла фиксироваться с XVIII–XIX веков, когда крещёные или обрусевшие тюрки получали фамилии по отцу. При этом форма «Бадыганов» — явно поздняя, с устоявшимся русским окончанием. Более старый, неадаптированный вариант мог звучать как «Бадыган улы» (сын Бадыгана) или просто Бадыган.

Отдельного упоминания заслуживает редкость фамилии. В отличие от массовых «Багаутдиновых» или «Батыровых», Бадыгановы встречаются точечно, что говорит либо о локальном бытовании прозвища, либо о том, что род не был многочисленным и не дал широкого расселения. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не упоминается — её нет в основном корпусе, что подтверждает её нерусское происхождение и маргинальность в общероссийском ономастиконе.