Фамилия Багдушины — одна из тех, где исходное имя почти стерлось за звуковыми изменениями. В основе лежит имя Богдан, что значит «данный богом». Это калька с греческого имени Феодот (того же смысла), и в святцах оно действительно закрепилось за мучеником Феодотом Кесарийским, принявшим при крещении имя Богдан. Однако в быту имя быстро обросло уменьшительными формами: Богдаша, Богданка, а на южнорусских и украинских землях — Багдуша. Переход «Богдан» в «Багдуша» — не случайность, а результат диалектного произношения: в некоторых говорах безударное «о» звучало как «а», а «г» перед звонким «д» оглушалось в «к» или, наоборот, озвончалось, давая «гд». Так Богдаша превратился в Багдушу.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Багдушин, то есть сын или потомок Багдуши. Это типичная модель для восточнославянских фамилий, образованных от прозвищ или личных имен, оканчивающихся на -а, -я. Если бы основа звучала как Багдуш (без окончания), фамилия была бы Багдушев. Форма Багдушин закрепилась именно за этим вариантом.

История с Феодотом Кесарийским, упоминаемая в народных этимологиях, скорее всего, вторична: имя Богдан распространилось как переводное, а не через конкретного святого. Феодот Кесарийский действительно почитается, но его житие (уход в пустынь, жизнь среди зверей и разбойников) не связано напрямую с происхождением фамилии — это общий сюжет для многих святых.

Регионально фамилия Багдушины встречается редко, преимущественно в Поволжье и на Урале, что может указывать на переселенческие потоки из южных областей, где диалектная форма Багдуша была обычной. Встречаются варианты написания с одной «н» (Багдушин) и с двойной (Багдушины) — последняя форма чаще используется как родовая, во множественном числе.

Точное время возникновения фамилии установить сложно: она могла оформиться и в XVII, и в XIX веке, в зависимости от того, когда именно предок получил прозвище, а затем и фамилию по нему. Но ясно одно: Багдушины — носители редкого фонетического следа, который сохранил в фамилии живую речь тех мест, где имя Богдан произносили на свой лад.