Фамилия Багнибова — редкий случай, когда географический адрес почти наверняка перевешивает все другие версии происхождения. Основа фамилии — топоним Багнибово или Багнибова. Такие названия встречаются в восточнославянских землях, особенно в Беларуси и на западе России, где есть деревни с похожими корнями. Если фамилия образована от названия населённого пункта, то первый носитель получил её по месту жительства: «Иван из Багнибова» или «сын того, кто из Багнибова». Суффикс -ов- здесь указывает на принадлежность, типичную для русских фамилий, но сама основа нехарактерна для исконно русского словаря.

Корень «багн-» в славянских языках связан с болотистой, топкой местностью. В украинском и белорусском «багно» — это болото, грязь, трясина. Сравните с польским bagno — то же значение. Таким образом, Багнибово могло означать «селение у болота» или «топкое место». Человек, переехавший из такой деревни в город или другую местность, получал прозвание по прежнему месту жительства, которое затем закрепилось как фамилия.

Менее вероятная, но допустимая версия — происхождение от прозвища Багниба, которое могло относиться к человеку, живущему на болоте или имеющему с ним связь (например, сборщик морошки, охотник на болотную дичь). Однако для прозвища форма с окончанием -а более характерна для украинской или белорусской традиции, а суффикс -ов- — для русской адаптации, что указывает на смешанное происхождение фамилии.

Сословная принадлежность у фамилии Багнибова не прослеживается по источникам. Скорее всего, это крестьянская фамилия, возникшая не ранее XVII–XVIII веков, когда за крестьянами начали массово закреплять фамилии по названиям деревень. Встречаемость фамилии низкая, что подтверждает её локальный характер.