Фамилия Багнян — редкий случай, когда происхождение почти наверняка указывает на конкретную географическую точку и этническую среду. Её основа — не русское слово, а южнославянское, точнее, болгарское или сербское. В этих языках «багня» (или «багна») означает трясину, болото, топкое место. Человек мог получить прозвище Багня, если жил у болота, занимался осушением земель или просто был родом из болотистой местности. Фамилии на -ян, как правило, указывают на выходцев из Болгарии, Македонии или западных областей Украины, где такой суффикс распространён. В русской среде фамилия практически не встречается, что делает её маркером миграции: предки носителя, скорее всего, переселились в Россию или на Украину с Балкан в XVIII–XIX веках, возможно, в составе волн болгарских колонистов в Бессарабию или Приазовье.

Интересно, что ударение в фамилии может падать как на последний слог (Багня́н), что типично для армянских фамилий, так и на первый (Ба́гнян) — по южнославянской модели. Второй вариант надёжнее: суффикс -ян в славянских фамилиях часто образует притяжательные формы (ср. украинские Дрозд — Дроздян, или польские с -ан). Если же допустить армянское происхождение, то корень «багн» мог бы быть связан с армянским «баг» (сад, огород) или именем Багнак, но это менее вероятно: армянские фамилии на -ян обычно образованы от имён или профессий, а географическая основа с корнем «болото» для армянского ареала нехарактерна.

Таким образом, версия о болгарском корне — основная. Фамилия Багнян означает «потомок того, кто жил у болота» или «выходец из болотистой местности». Носители этой фамилии, скорее всего, имеют южнославянские корни, и их предки были крестьянами или ремесленниками, поселившимися в причерноморских или приднепровских регионах. В современной России фамилия остаётся редкой, что только подтверждает её узколокальное происхождение.