Фамилия Багомедова происходит от личного имени Багомед. Это имя — одна из производных, усечённых форм имени Мухаммед (Мухаммад). В арабском языке корень имени означает «восхваляемый», «хвалимый» (подразумевается — Богом и людьми). Таким образом, в основе фамилии лежит каноническое мусульманское имя, широко распространённое у народов Кавказа и Поволжья.

Фамилия образована по русской словообразовательной модели: к основе Багомед- добавлен суффикс -ов- и женское окончание -а. Для мужского варианта фамилии характерно окончание -ов (Багомедов). Такая модель типична для фамилий, возникших в среде народов, вошедших в состав Российской империи, где русский суффикс притяжательности присоединялся к местному имени, указывая на принадлежность роду человека по имени Багомед.

Имя Багомед — это результат сокращения или адаптации длинного имени Мухаммед в некоторых языках Дагестана (особенно аварском и даргинском). Усечение первого слога «Му» и замена на «Ба» — распространённый фонетический процесс в местных говорах. Так, наряду с Багомедом, существуют варианты Магомед, Магомед, Гаджимурад. Со временем имя закрепилось как самостоятельное, и от него пошли фамилии.

Фамилия Багомедова характерна в первую очередь для Дагестана. Это регион, где фамилии на -ов(-ев) массово фиксировались при переписях и паспортизации в XIX–XX веках. Многие дагестанские фамилии образованы именно от личных имён с арабскими корнями, что отражает историческое влияние ислама на культуру и быт горских народов.