Фамилия Бакаутова — женская форма фамилии Бакаутов, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Бакаут, которое могло возникнуть из разных источников.

Самая вероятная версия — профессиональная. В русских говорах «бакаут» или «бакаута» — это местное название растения, также известного как бакаутовое дерево (гваяковое дерево). Это твёрдая, тяжёлая древесина, которую использовали для изготовления блоков, втулок и других деталей в судостроении и механизмах. Прозвище Бакаут могли дать мастеру, работавшему с этим материалом, — плотнику, столяру или токарю, специализировавшемуся на особо прочных изделиях. В пользу этой версии говорит то, что фамилии от названий пород дерева (Дубов, Соснин, Кедров) встречаются часто, а «бакаут» — редкий, конкретный термин, указывающий на узкую специализацию.

Менее распространённая версия — диалектная. В некоторых областях «бакаутом» могли называть упрямого, крепкого человека, по аналогии с твёрдостью древесины. Такое прозвище давали за характер, а не за ремесло.

Суффикс -ов в основе Бакаутов указывает на типичную русскую модель образования от прозвищ, заканчивающихся на твёрдый согласный. Фамилия не относится к числу дворянских или аристократических — скорее всего, её носили крестьяне или ремесленники, причём географически фамилия тяготеет к районам, где было развито судостроение или деревообработка (Поволжье, северные губернии). В дореволюционных источниках фамилия встречается редко, что подтверждает её ремесленный, а не массовый характер.