Фамилия Бакиджанов — редкий случай, когда тюркское имя и персидский суффикс встретились в русской модели фамилии. Её основа — мужское имя Бакиджан, которое складывается из двух частей: арабского «Баки» (вечный, постоянный) и персидского «джан» (душа, жизнь). Вместе это можно перевести как «вечная душа» или «живущий вечно». Такие составные имена были популярны в среде мусульманских народов Средней Азии, особенно у узбеков и таджиков, где «джан» часто добавляли к имени для придания ласкового или возвышенного оттенка.

Русский суффикс -ов, присоединённый к основе, указывает на то, что фамилия сложилась уже в русскоязычной среде — скорее всего, в документах Российской империи или советских паспортах. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, которые образуются от прозвищ или профессий, здесь мы видим прямой персональный антропоним: сына человека по имени Бакиджан записали как Бакиджанова.

Географически фамилия тяготеет к Узбекистану, Таджикистану и прилегающим регионам, а в России встречается в среде выходцев из этих республик. Встречаются варианты написания — Бакиджанов, Бакижанов, но первый вариант фиксирует полную форму имени с «дж», что характерно для тюркских языков, где этот звук передаётся как мягкое «ж» или аффриката.

Социально фамилия не несёт сословной окраски — её мог получить и крестьянин, и ремесленник, и торговец, поскольку имя Бакиджан не было прерогативой знати. В отличие, скажем, от фамилий на -зода или -оглы, которые прямо указывают на происхождение (сын такого-то), Бакиджанов — это уже русифицированная форма, адаптированная под паспортную систему, где суффикс -ов стал универсальным способом записи фамилий для всех народов империи.