Фамилия Бакисовы — редкий случай, когда в основе могут скреститься две совершенно разные культурные традиции, восточная и античная. Чаще всего её считают вариантом фамилии Багисов, а та, в свою очередь, восходит к тюркскому имени Багис. Корень здесь — древнее слово «бага», то есть «бог, божественное начало». Родители, называя так сына, словно вверяли его высшим силам, и это имя должно было оберегать его. Позже, при адаптации в русской среде, конечный звук основы мог измениться, и «Багис» превратился в «Бакис» — отсюда и фамилия на -ов.

Но есть и вторая, неожиданная версия. В Древней Греции жил легендарный прорицатель Бакис (Βάκις), которому приписывали составление первого сборника пророчеств. Его имя стало нарицательным для всех предсказателей и вещунов. Если принять эту версию, то прозвище Бакис на Руси могли дать человеку, который занимался гаданиями, предсказывал погоду или урожай, либо просто обладал даром убеждения и «провидел» исход дел. В таком случае фамилия Бакисов — это отчество от мирского прозвища, а не от имени.

Оба объяснения имеют право на жизнь, но первое, тюркское, встречается в ономастике чаще для фамилий с основой «бак-/баг-». Спорным остаётся и то, как именно произошёл переход от «Багисов» к «Бакисов»: это могло быть следствием оглушения согласного в произношении (г → к) или ошибки писаря при записи фамилии в документах. Окончательно прояснить историю конкретной ветви Бакисовых можно только через изучение архивов той местности, где фамилия закрепилась — вероятнее всего, в регионах с тюркским населением или на юге России, где были сильны греческие и восточные влияния.